Fort de ses recherches en biologie intégrative et gestion durable, de ses capacités expérimentales et de ses 768 agents, dont 632 titulaires, le centre INRAE Val de Loire mène des recherches autour de quatre axes : « Dynamique des sols et gestion de l’environnement », « Biologie intégrative des arbres et de la biodiversité associée pour la gestion durable des écosystèmes forestiers », « Biologie animale intégrative, durabilité des systèmes d’élevage », « Infectiologie et "One Health" ». Ces axes de recherche sont répartis sur quatre sites : Orléans, Tours, Nogent-sur-Vernisson et Bourges.